Keskus asub Tallinnas ja tal on oma eelarve. Eelarve kinnitab, seda muudab ja selle täitmist kontrollib justiits- ja digiminister.
Keskusel on kaks struktuuriüksust: teenuste arenduse ja halduse üksus ning tugiteenuste üksus. Keskust juhib direktor, kellega sõlmib töölepingu justiits- ja digiminister kantsleri ettepanekul.
Teenuste ulatus ja tingimused lepitakse asutustega kokku kirjalikus koostöökokkuleppes. Keskus osutab teenuseid võrdsuse põhimõtte alusel, arvestades valitsuskomisjoni – Riigi Digikeskuse Nõukogu – ettepanekuid ja otsuseid.
Keskust auditeerivad ministeeriumi siseauditiosakond, Riigikontroll ja teised selleks volitatud asutused.